O dezbatere importantă pe agenda UE este cea legată de monitorizarea penuriei de medicamente și dispozitive medicale, în cazul unor amenințări de sănătate publică și urgențe de sănătate publică. Potrivit europarlamentarului Cristian Bușoi, „monitorizarea este o responsabilitate pe care EMA a primit-o de curând și pentru care am insistat în timpul procedurii de revizuire a legislației în 2021 și 2022. Este important că EMA a început deja să se organizeze în acest sens și a inițiat deja o serie de măsuri  concrete în cazul antibioticelor și tromboliticelor. De asemenea, Agenția monitorizează eventuale lipsuri pentru medicamentele aprobate de EMA prin procedura centralizată, dar și situațiile critice la nivel national”.  De asemenea, „dincolo de măsurile  pe care suntem obligați să le luăm la nivel național, printre care se numără o nouă metodologie de prețuri, reducerea taxei clawback, reglementarea importurilor paralele, experiența și  implicarea Agenției Europene pentru Medicamente în rezolvarea acestei crize este esențială”, a declarat dr. Cristian Bușoi, responsabilul PE în relația cu EMA, cu prilejul unei vizite la sediul Agenției. Scopul vizitei a fost acela de a înțelege mai bine care sunt provocările cu care se confruntă Agenția în procesul de evaluare și aprobare a medicamentelor, precum și  implementarea legislației în domeniul medicamentelor.

În cadrul atribuțiilor sale extinse ca urmare a pandemiei, EMA joacă acum un rol în monitorizarea penuriei de medicamente în Europa și în coordonarea activităților de prevenire a penuriei sau de atenuare a efectelor acesteia. În ceea ce privește antibioticele, EMA a avertizat că acestea trebuie folosite doar cu prudență și nu pentru a trata infecțiile virale. Utilizarea excesivă și abuzivă a antibioticelor este unul dintre factorii cheie ai rezistenței antimicrobiene. Totodată, începând cu 2 februarie 2023, se vor aplica responsabilitățile suplimentare ale EMA și în ceea ce privește monitorizarea și limitarea deficitelor de dispozitive medicale critice în timpul urgențelor de sănătate publică. Noile dispoziții reprezintă ultima parte rămasă de pus în aplicare din Regulamentul (UE) 2022/123, care consolidează rolul EMA în gestionarea crizelor de medicamente și dispozitive medicale critice în timpul urgențelor de sănătate publică. Agenția este în prezent responsabilă de coordonarea răspunsurilor țărilor UE/SEE în cazul lipsurilor de medicamente și dispozitive medicale critice, inclusiv de dispozitive de diagnostic in vitro, în timpul urgențelor de sănătate publică.