Dreptul cetățenilor și al pacienților de a putea opta pentru excluderea din EHDS în ceea ce privește folosirea datelor lor medicale pentru utilizări secundare, cum ar fi cercetarea, este subiectul unor dezbateri importante în contextul prezentării amendamentelor la propunerea de legislație EHDS. În prezent, există sugestii conform cărora protecția  drepturilor cetățenilor ar trebui să fie mai bine asigurată prin aplicarea unui mecanism "opt-in" (actul prin care un utilizator își exprimă acordul să fie inclus într-o listă de distribuție pentru a putea fi contactat prin e-mail sau alte forme de comunicare).

European Cancer Organisation (ECO), una dintre cele mai importante federații ce reunește societăți profesionale și asociații de pacienți din domeniul oncologiei, apreciază că „opțiunea de excludere voluntară este susținută ca o abordare realistă care echilibrează necesitatea de a respecta dreptul cetățenilor și al pacienților de a controla accesul la datele lor cu cea de a realiza un spațiu european solid al datelor din domeniul sănătății, inclusiv în ceea ce privește cercetarea” și recomandă ca „mecanismul de excludere voluntară să fie aplicat în practică în mod consecvent în întreaga Europă și, prin urmare, să se elaboreze și să se publice recomandări ulterioare ale UE în această privință, înainte ca regulamentul să intre pe deplin în vigoare din punct de vedere juridic”.  Chiar dacă mecanismul de excludere voluntară este sprijinit de garanțiile preexistente în ceea ce privește confidențialitatea și proprietatea asupra datelor, instituite de cadre precum GDPR, „încrederea în funcționarea acestuia ar fi asigurată și mai mult prin asigurarea că există o guvernanță deschisă și transparentă pentru Spațiul european al datelor privind sănătatea, inclusiv în ceea ce privește componența Consiliului EHDS și se permite cetățenilor și pacienților să fie actualizați și informați cu privire la modul în care datele lor au fost accesate și utilizate”, atrag atenția reprezentanții ECO.